{"id":672,"date":"2022-10-13T13:14:30","date_gmt":"2022-10-13T10:14:30","guid":{"rendered":"https:\/\/www.vesi.fi\/vesikirje\/?p=672"},"modified":"2022-10-13T16:10:05","modified_gmt":"2022-10-13T13:10:05","slug":"vesistojen-tilan-seurantaan-kehitetaan-uusia-dna-pohjaisia-menetelmia","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.vesi.fi\/vesikirje\/vesistojen-tilan-seurantaan-kehitetaan-uusia-dna-pohjaisia-menetelmia\/","title":{"rendered":"Vesist\u00f6jen tilan seurantaan kehitet\u00e4\u00e4n uusia DNA-pohjaisia menetelmi\u00e4"},"content":{"rendered":"

Molekyylibiologisia menetelmi\u00e4 voidaan k\u00e4ytt\u00e4\u00e4 my\u00f6s vesist\u00f6jen ekologisen tilan ja monimuotoisuuden seurantaan. Juuri k\u00e4ynnistyneess\u00e4 hankkeessa saadaan uutta tietoa erityisesti kasvi- ja el\u00e4inplanktonin, piilevien ja pohjael\u00e4inten DNA-pohjaisten aineistojen t\u00e4m\u00e4nhetkisest\u00e4 k\u00e4ytett\u00e4vyydest\u00e4 ja tulevaisuuden kehitystarpeista.<\/p><\/blockquote>\n

EU-direktiivien toimeenpano edellytt\u00e4\u00e4 vesiekosysteemien biologisten laatutekij\u00f6iden runsauden, yhteis\u00f6jen lajikoostumuksen ja toiminnallisen monimuotoisuuden kuvausta ja seurantaa j\u00e4rviss\u00e4, virtavesiss\u00e4 ja It\u00e4meress\u00e4.<\/p>\n

Perinteisesti seuranta-aineistojen mikroskooppianalyysit vaativat pitk\u00e4\u00e4 kokemusta ja hyv\u00e4\u00e4 lajintunnistustaitoa. N\u00e4ytteiden analysointi on aikaa viev\u00e4\u00e4 ja kallista, ja monien lajien tunnistaminen on hankalaa. Perinteisten menetelmien tueksi tarvitaankin uusia menetelmi\u00e4.<\/p>\n

Uudessa eDNA-monitor-hankkeessa kehitet\u00e4\u00e4n molekyylibiologisten menetelmien hy\u00f6dynt\u00e4mist\u00e4 eri eli\u00f6yhteis\u00f6jen seurannoissa pohjaeli\u00f6st\u00f6st\u00e4 planktoniin vedenalaisen luonnon monimuotoisuuden selvitt\u00e4miseksi.<\/p>\n

DNA-menetelm\u00e4 vesieli\u00f6iden seurannassa<\/h3>\n

DNA-pohjaisilla molekyylibiologisilla menetelmill\u00e4 on mahdollista t\u00e4ydent\u00e4\u00e4, uudistaa ja tehostaa ymp\u00e4rist\u00f6n tilan seurantaa. N\u00e4ytteiss\u00e4 olevien eli\u00f6iden tiettyjen geenien DNA eristet\u00e4\u00e4n, monistetaan ja sekvensoidaan eli m\u00e4\u00e4ritet\u00e4\u00e4n em\u00e4sten tarkka j\u00e4rjestys tutkittavissa geeneiss\u00e4. Saatuja sekvenssej\u00e4 verrataan tietokantoihin tallennettuihin vertailusekvensseihin, joiden avulla n\u00e4ytteiss\u00e4 olevat organismit tunnistetaan.<\/p>\n

Hankkeessa hy\u00f6dynnet\u00e4\u00e4n SYKEn avoimeen Hertta-tietokantaan tallennettuja, perinteisin menetelmin tuotettuja seurantatietoja, joita verrataan DNA-menetelm\u00e4ll\u00e4 saatuihin tuloksiin. Erityisen kiinnostavaa on arvioida, p\u00e4\u00e4dyt\u00e4\u00e4nk\u00f6 perinteisill\u00e4 ja DNA-menetelm\u00e4ll\u00e4 samaan johtop\u00e4\u00e4t\u00f6kseen vesist\u00f6jen ekologisesta tilasta.<\/p>\n

Kun DNA-menetelmien toimivuudesta on saatu riitt\u00e4v\u00e4sti n\u00e4ytt\u00f6\u00e4, ne voidaan ottaa rutiininomaiseen k\u00e4ytt\u00f6\u00f6n t\u00e4ydent\u00e4m\u00e4\u00e4n ja jossain tapauksissa jopa korvaamaan perinteisi\u00e4 analyysimenetelmi\u00e4.<\/p>\n

Ymp\u00e4rist\u00f6n\u00e4ytteiden DNA-menetelm\u00e4 mahdollistaa my\u00f6s vesist\u00f6jen tila-arvioinnin ulkopuolelle j\u00e4\u00e4vien eli\u00f6ryhmien, kuten bakteeriplanktonin, alkuel\u00e4inten ja sis\u00e4vesien el\u00e4inplanktonin paremman seurannan ja monimuotoisuuden tarkastelun. N\u00e4in saadaan parempi kokonaiskuva vedenalaisen luonnon monimuotoisuudesta.<\/p>\n

\"Kaaviokuva\"
Hankkeen tavoitteena on testata ja kehitt\u00e4\u00e4 DNA-pohjaisia seurantamenetelmi\u00e4 j\u00e4rvien, virtavesien ja It\u00e4meren EU-direktiivien vaatimien laatuelementtien seurantaan ja vesist\u00f6jen ekologisen tilan arviointiin.<\/figcaption><\/figure>\n

Korvaako DNA-menetelm\u00e4 perinteiset menetelm\u00e4t?<\/h3>\n

T\u00e4ll\u00e4 hetkell\u00e4 DNA-menetelmien laajamittaista ja rutiininomaista k\u00e4ytt\u00f6\u00f6nottoa rajoittavat menetelmien jatkuva kehitysty\u00f6, standardisoitujen menetelmien puute sek\u00e4 tietokannoista puuttuvat vertailusekvenssit. Vertailusekvenssitietokannat kuitenkin t\u00e4ydentyv\u00e4t koko ajan, mik\u00e4 jatkossa helpottaa eli\u00f6iden tunnistamista molekyylibiologisilla menetelmill\u00e4.<\/p>\n

Vesist\u00f6jen ekologisen tilan arviointi edellytt\u00e4\u00e4 lajien m\u00e4\u00e4r\u00e4llisen runsauden tarkastelua, mutta toistaiseksi DNA-menetelm\u00e4ll\u00e4 voidaan selvitt\u00e4\u00e4 ainoastaan lajien suhteellisia osuuksia. Eli\u00f6iden absoluuttisen runsauden m\u00e4\u00e4ritykseen on kuitenkin kehitteill\u00e4 ratkaisuja.<\/p>\n

DNA-menetelmien hy\u00f6dynt\u00e4minen vesist\u00f6jen tilan ja monimuotoisuuden arvioinnissa (eDNA-monitor)<\/h3>\n

Suomen ymp\u00e4rist\u00f6keskuksen kaksi ja puoli vuotta kest\u00e4v\u00e4\u00e4 eDNA-monitor-hanketta rahoittaa ymp\u00e4rist\u00f6ministeri\u00f6n uusi luonnon monimuotoisuuden seurannan BIOMON-tutkimusohjelma.<\/p>\n

Hankkeessa on mukana lajintunnistuksen, nykyisten seurantamenetelmien, molekyylibiologian ja bioinformatiikan asiantuntijoita.<\/p>\n

Kirjoittajat:<\/h4>\n

Tutkija Kristiina Vuorio, Suomen ymp\u00e4rist\u00f6keskus SYKE, etunimi.sukunimi@syke.fi<\/p>\n

Tutkija Tiina Laamanen, Suomen ymp\u00e4rist\u00f6keskus SYKE, etunimi.sukunimi@syke.fi<\/p>\n

Erikoistutkija Sirpa Lehtinen, Suomen ymp\u00e4rist\u00f6keskus SYKE, etunimi.sukunimi@syke.fi<\/p>\n

Erikoistutkija Veera Norros, Suomen ymp\u00e4rist\u00f6keskus SYKE, etunimi.sukunimi@syke.fi<\/p>\n

Erikoistutkija Jukka Aroviita, Suomen ymp\u00e4rist\u00f6keskus SYKE, etunimi.sukunimi@syke.fi<\/p>\n

Linkkej\u00e4:<\/h4>\n

DNA-menetelmien hy\u00f6dynt\u00e4minen vesist\u00f6jen tilan ja monimuotoisuuden arvioinnissa (eDNA-monitor)<\/a><\/p>\n

Kansallinen tiekartta eDNA:n ja muiden molekyylibiologisten seurantamenetelmien tehokkaan, luotettavan ja rutiininomaisen k\u00e4ytt\u00f6\u00f6noton eri vaiheista (eDNA-tiekartta)<\/a><\/p>\n

Geneettiset menetelm\u00e4t kasviplanktonseurantaan (GeMeKa)<\/a><\/p>\n

Kasviplanktonin ja muiden mikrobien monimuotoisuus ja vesien tummumisen vaikutus – MiDAS<\/a><\/p>\n

DNAqua-net<\/a><\/p>\n

Artikkelikuva:<\/h4>\n

DNA-n\u00e4ytteit\u00e4 k\u00e4sitelt\u00e4ess\u00e4 on ty\u00f6skennelt\u00e4v\u00e4 steriilisti. Kuva: Ilkka Lastum\u00e4ki, S<\/span>YKE<\/span>.<\/span><\/p>\n

 <\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Molekyylibiologisia seurantamenetelmi\u00e4 kehitet\u00e4\u00e4n muun muassa vesist\u00f6jen ekologisen tilan arviointiin eDNA monitos-hankkeessa.<\/p>\n","protected":false},"author":5,"featured_media":732,"comment_status":"closed","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[8],"tags":[],"class_list":["post-672","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-vesikirje-lokakuu-2022"],"acf":[],"aioseo_notices":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.vesi.fi\/vesikirje\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/672","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.vesi.fi\/vesikirje\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.vesi.fi\/vesikirje\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.vesi.fi\/vesikirje\/wp-json\/wp\/v2\/users\/5"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.vesi.fi\/vesikirje\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=672"}],"version-history":[{"count":8,"href":"https:\/\/www.vesi.fi\/vesikirje\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/672\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":733,"href":"https:\/\/www.vesi.fi\/vesikirje\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/672\/revisions\/733"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.vesi.fi\/vesikirje\/wp-json\/wp\/v2\/media\/732"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.vesi.fi\/vesikirje\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=672"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.vesi.fi\/vesikirje\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=672"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.vesi.fi\/vesikirje\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=672"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}